以明末清初理学文本与话语为主要研究对象，
试图重探明清之际思想转型的重大议题。
从儒者的生死观、工夫论、舜的圣人形象、孝行与家礼、
夫妇之伦、人性论等主题，
分析明清之际儒学如何在历史发展及反思中自我修正与转化，
建构一个能兼顾个人道德修养与家庭社群人伦，能对治晚明学风之弊，
并在日用人伦中重建社会秩序的思想体系。
吕妙芬新作《成圣与家庭人伦：宗教对话脉络下的明清之际儒学》锁定明清之际（以十七世纪为主）的理学为主要研究范围，试图以更丰富而新颖的史料、新的研究议题与视角，来探讨明清之际儒学的发展与转型，也试图响应一些过去学者提出的看法。
吕妙芬在本书里认为理学的信念在清代仍是支持政治与社会的价值体系，理学的议题也仍是士人关心的问题，清代理学思想与话语也不尽然因袭旧说，而有其推陈出新之处，只是这方面较未被充分探讨认知。
《成圣与家庭人伦》一书也强调当时儒学是在高度宗教对话的语境中发言，调整自我义理内涵，书中亦论及儒学宗教化与庶民化的现象，及对过去启蒙论述的反思。
本书共分三部，第一部「成圣、不朽、家庭人伦」包含三章，主要探讨明清之际儒学发展的延续与变化，并标出「成圣」与「家庭人伦」为核心议题。第一章〈生死观的新发展〉探讨明清之际理学话语中，是否出现类似个体灵魂的概念？是否有关于死后想象的论述？第二章〈儒门圣贤皆孝子〉延续了上一章的讨论，主要根据的文本也相近，焦点则转到清初儒学与晚明儒学的差异。第三章〈圣人处兄弟之变〉考察明清士人对于《孟子》记载舜、象兄弟故事的不同诠释，说明士人对于舜的诠释反映了他们对儒学理想与圣人形象的思索。
第二部「血脉与道脉的双重认同」包含两章，内容则离开思想观念的分析，转而探讨万里寻亲、居家拜圣贤两种实践行为，藉此说明家族血脉与儒学道脉在儒家士人心目中具有同等重要的地位。第四章选择与宗族文化密切相关的万里寻亲孝行为主题，支持此类孝行的理念正是儒家的孝道思想，以及「家」作为永恒归属的观念。第五章讨论明清士人在家拜圣贤的礼仪实践。明清时期祭拜儒家圣贤之礼，除了在孔庙、乡贤祠、学校和书院中，或在某些民间宗教的寺庙中举行外，它也以一种坚持儒学正统、不与其他宗教混合的方式，走入士人家庭。
第三部「宗教对话语境下的儒学论述」共有两章，分别讨论夫妇之伦、人性论两个主题。第六章探讨儒学在夫妇之道的神圣性与戒淫之间的张力，以及因发言语境之差异所形成关于夫妇之伦的不同论述面向。第七章是针对明清气学人性论的探讨。结论部分则分别就「从晚明到清初学术思想的延续与创新」、「儒学的宗教关怀与庶民化倾向」、「再思17世纪儒学转型在中国思想史上的意义」三方面，总结说明本书的主要论点。