萨曼莎住在父亲经营的大象保护区。对于她来说，那些惹人喜爱的大象和自己的单亲父亲一样，都是家庭不可或缺的一份子。在萨曼莎心爱的母象因难产而死亡后，她与母象的长毛小宝宝沃利间产生了某种特殊的联系。很快，萨曼莎就发现了沃利的与众不同之处。由于沃利的妈妈在去世前参加了一个特别饲养项目，因此，沃利体内携带的并不是大象的基因，而是一种稀缺物种——沃利长毛象的基因！当年，脾气古怪的天才百万富翁雇人提取了这个基因，成为克隆项目的创始人之一。如今，他将不惜一切代价来保护自己这投入血本来维持的项目，即使这意味着要将萨曼莎和父亲的世界弄得天翻地覆，他也在所不辞。现在，智勇双全、意志坚定的萨曼莎是时候挺身而出，保护父亲的大象保护区和她单纯可爱的象群，使其免遭毒手。
在这个讲述孩子和动物间深厚友谊的故事中，《大象的秘密》向读者们展示了萨曼莎和她的大象们间复杂又紧密的联系，同时，还通过大量数据分析了大象和人类的行为。