《人类的秘密》的中心内容是调查研究在过去20年中两项重大研究项目，得出的出人意料的成果，这两项重大研究项目旨在寻求解答有关人类的最后未知事物，消除解释人类在宇宙位置的综合理论的最后障碍。第一项是2001年完成的人类基因组计划，该计划承诺根据研究出完整的人类基因图谱，通过展示我们，就像所有生物一样，是如何如此精确地代代繁衍，而最终破解基因遗传的秘密。第二项是大脑成像技术的显著进展，使得神经系统科学家在20世纪的最后10年观察到了“活动中”的大脑，由此阐释了人类大脑推理、想象和记忆的奇特功能。
然而，这并不是最终结果。10年后，显而易见，完全不可能从双螺旋结构排列的基因的单一结论推导出生物世界的无限美丽和多样性，也完全不可能从大脑单调的电流活动推导出人类大脑的丰富多样性和发展潜能。人类似乎不仅仅对自身而言是一个谜，而且也是我们所属宇宙的一个重要谜团。
这对过去150年来普遍流行的观点产生了深刻的影响，即我们“仅仅是”已知的唯物主义进化过程的产物，而是重申西方哲学思想的中心假设“我们了解的还不够”。
詹姆斯·勒·法努的书文笔优美、富于雄辩，不仅仅对过去150年的进化生物学做出了评价，而且在叙述“我们是谁”之谜的长期探究中进行了有力的阐述，最终得出了近些年来令人惊讶的发现。詹姆斯·勒·法努对丹尼特、道金斯、舍默、萨洛威、爱德华·威尔逊的著作提出了大胆的哲学理论挑战，这对我们了解人类及人类在宇宙的位置产生了结构性转变。