幽灵、科马克和凯特是“黑色莲花”（一所忍者学校）的年轻新兵。有一天，一件威力巨大的武器被盗，三人必须从十六世纪的日本穿越到现在的纽约，去阻止渴望力量的幕府大将军毁灭这座城市。
世界已经被庞大的“武士帝国”所统治。统治者格达总统，利用两把威力十足的时间旅行宝剑打造了他的版图。现在，只有美国保持了独立。为了征服它，格达必须拥有第三把利刃——被称为“月亮之剑”。三剑合一便可打造出一件拥有不可思议威力的武器。但是“月亮之剑”在16世纪的时候被神秘的反叛组织盗走了，此后就一直被严密的保护了起来，这个组织就是“黑色莲花”。
幽灵，一个来自里约的抠门小偷；科马克，来自爱尔兰的一名孤儿；凯特，一名住在纽约大街上的无家可归的女孩，他们被一位神秘的独眼人招募到“黑色莲花”中。三个人都拥有特殊的能力：科马克拥有极快的速度，凯特能够与动物交谈，幽灵可以隐身。在“士度”秘密反叛中心，在那里的巨大回廊房屋中，有一所隐秘的非比寻常的学校，三位朋友在这里学习忍者技能。有一天，他们将加入保护“月亮之剑”的战斗中，与“帝国”作战——不过那一天要比他们想象的来得快。
很快幽灵陷入了一种恶毒的帝国力量的摆布：格达的妻子基科，她伪装成了“士度”的老师。幽灵无法抗拒他脑子里基科的声音，便偷走了那把剑，逃离了“士度”，要将“月亮之剑”拱手送给敌人。凯特和科马克立马展开了追击。基科利用魔法之刃劈开了空间的入口。进入了十六世纪的日本。这时幽灵摆脱了她的控制，心中满是懊恼，趁来得及之前他与凯特和科马克一起争分夺秒地去偷回那把剑。
基科和国王格达正准备征服最大的目标——纽约。他们手中拥有了三把神剑，有人可以阻止他们吗？