一个古老的预言在复活节彩蛋岛上浮出水面，预言说6天之后，巧克力将不复存在，巧克力末日即将来到！
接下来几天的事件是由珍妮•威灵顿叙述的，她是一个十一岁的女孩，不过一天到晚操心自己和别人的事。她担心在超市做夜班的妈妈，也操心他的爸爸，因为他有一个堕落的朋友戴夫。不过她最担心的是科学课的项目，她必须做一个实验的录像。在和奶奶聊天之后她发现她奶奶年轻的时候是一位科学家。受奶奶的启发，珍妮想要进行一个实验，验证巧克力末日是否真的会来临。
之后的几天，珍妮目睹这个世界变得疯狂。她发现巧克力种植园里的作物开始枯萎、死掉。没人知道这是怎么一回事。这样就导致了全球巧克力短缺。这个事件是否和镇上的最贵的巧克力店Garibaldi Chocolati有关呢？
人们开始疯狂采购巧克力。巧克力工厂为了满足需求，苦于应对，几乎要到奔溃的边缘。巧克力的价格也直线上升。
总理不得不宣布国家有巧克力储备，每个人都可以分到一块储备巧克力，分派行动将由军队进行。可是珍妮的那一份储备巧克力一直没到派到她手里，派发巧克力的士兵看到她十分沮丧，就把自己的那块送给了她。珍妮与家人分享了那块巧克力，度过了一个愉快的夜晚，她也明白了自己应该停止担心，享受当下。
那天晚上，邦斯德布太太悄悄走出屋子，珍妮和奶奶跟着她，发现她偷了储备巧克力，并打算把巧克力卖给巧克力店。巧克力店已经在储存巧克力，预备巧克力荒的到来。
复活节彩蛋岛古老岛民的一个后裔名叫加力，他说其实他巧克力末日的幕后策划者，因为他讨厌看到人们滥吃巧克力，并添加各种成分。他希望人们吃纯巧克力。珍妮和奶奶费尽工夫才逃出加力的控制，将消息告诉警察。
没想到，第二天巧克力末日就来临了，哪里都没有巧克力了。然后珍妮想起了她的实验，那里还有一条巧克力。她拍摄的视频也火了。
珍妮和她的奶奶受邀接受电视采访。巧克力店的店主和戴夫装满巧克力的车被拦截下来。另外，预测巧克力末日的教授说他其实算错了日子，巧克力末日将推后五天。于是所有人又开始恐慌了......
珍妮决定以后再也不焦虑了。妈妈有了一个更好的工作，爸爸已经摆脱了戴夫，她在床底下藏了一罐软心豆粒糖，另外，院子的地上冒出了绿芽......