当米迦勒·卡瓦纳神父在他所供职的偏僻而朴素的因伍德社区教区见到蓝纳·马洛伊，这位自己神学院时期同伴额时候，卡瓦纳非常震惊。他一边回想着自己和蓝纳过去的生活，一边逛进了一个中世纪修道院博物馆，并同馆内以为可爱迷人的导览员蕾切尔·维迪特开启了一场对话。
蕾切尔是一位中世纪历史研究学者，也是一位犹太人。在大屠杀时，她在法国经历了一段噩梦般的时间，劫后余生的蕾切尔选择隐蔽到寂静安全的修道院博物馆继续自己的生活。她一直在研究已逝父亲的工作：父亲的研究，想要证明著名修道士彼得·阿伯拉尔（Peter Abelard）和犹太学者之间的关联。通过与卡瓦纳神父的交流，蕾切尔觉得神父会对自己的研究感兴趣，因此与他分享了父亲毕生研究的成果。
位于整个故事核心的，是历史上著名的彼得·阿伯拉尔神父与法国学者埃洛伊丝之间的情事。对于蕾切尔来说，了解阿伯拉尔，就是了解她和她的族人在人类文明史中地位的一种方式。而对于卡瓦纳来说，了解阿伯拉尔，则是了解教堂之外的世界的一个窗口。
《修道院博物馆》一书是詹姆斯·卡罗尔迄今为止最优秀的作品。